Son comunidades autónomas uniprovinviales, que no es lo mismo aunque territorialmente coincidan o históricamente hayan sido denominadas provincias. Es un error muy común.
Si fueran provincias como dices ambas deberían tener obligatoriamente subdelegaciones porque así lo dice la Ley Orgánica 6/1997 (En cada provincia y bajo la inmediata dependencia del Delegado del Gobierno en la respectiva Comunidad Autónoma existirá un Subdelegado del Gobierno), sin embargo si recurres a la legislación verás que no, que Madrid tiene porque la ha creado ateniéndose a los requitos de comunidad autónoma uniprovincial (Podrán crearse por Real Decreto Subdelegaciones del Gobierno en las Comunidades Autónomas uniprovinciales), y Murcia no tiene subdelegación.
Real Decreto 466/2003, de 25 de abril, por el que se crea la Subdelegación del Gobierno en Madrid
Preámbulo:
La nueva redacción del apartado 1 de dicho artículo 29 establece la posibilidad de crear Subdelegaciones del Gobierno en las comunidades autónomas uniprovinciales, atendiendo a las especiales circunstancias que concurran en ellas, tales como población, volumen de gestión o singularidades geográficas, sociales y económicas.
Madrid, comunidad autónoma que alberga la capitalidad del Estado, tiene una serie de características singulares que la diferencian de otras comunidades autónomas uniprovinciales y que, en la actualidad, hacen aconsejable reforzar la estructura de la Administración periférica del Estado en ella, mediante la creación de una Subdelegación del Gobierno.
Ley Orgánica 3/1983, de 25 de febrero, de Estatuto de Autonomía de la Comunidad de Madrid
Artículo 1:
1. Madrid, en expresión del interés nacional y de sus peculiares características sociales, económicas, históricas y administrativas, en el ejercicio del derecho a la autonomía que la Constitución Española reconoce y garantiza, es una Comunidad Autónoma que organiza su autogobierno de conformidad con la Constitución Española y con el presente Estatuto, que es su norma institucional básica.
2. La Comunidad Autónoma de Madrid se denomina Comunidad de Madrid.
Ley Orgánica 4/1982, de 9 de junio, de Estatuto de Autonomía para la Región de Murcia
Artículo 1:
1. La provincia de Murcia, como expresión de su entidad regional histórica, dentro de la indisoluble unidad de España, se constituye en Comunidad Autónoma.