Mediante el Real Decreto 400/2012, de 17 de febrero se han producido varias modificaciones en la estructura básica de dicho Ministerio entre las que se encuentran:
La Oficina de Comunicaciones pasa de denominarse Oficina de Comunicaciones y Relaciones Institucionales.
El Centro de Coordinación Antiterrorista pasa a depender del Secretario de Estado de Seguridad.
En el ámbito de la Secretaría de Estado de Seguridad se crea la Comisión Ejecutiva de Coordinación que sustituye al Comité Ejecutivo para el Mando Unificado.
Se han suprimido los siguientes órganos directivos:
De la Secretaría de Estado de Seguridad:
El Gabinete de Coordinación, dependiente de la Secretaría de Estado de Seguridad.
El Gabinete de Estudios de Seguridad Interior (GESI), dependiente de la Secretaría de Estado de Seguridad.
La Subdirección General del Gabinete Técnico de la extinta Dirección General de la
Policía y de la Guardia Civil. Asimismo, las dos Unidades de Coordinación de la extinta Dirección General de la
Policía y de la Guardia Civil, en los ámbitos del Cuerpo Nacional de
Policía y del Cuerpo de la Guardia Civil, respectivamente.
La Subdirección de Gestión Económica, Técnica y Documental de la extinta Dirección General de la
Policía y de la Guardia Civil.
La Subdirección General de Recursos Humanos de Instituciones Penitenciarias, dependiente de la Secretaría General de Instituciones Penitenciarias.
La Subdirección General de Coordinación Territorial, dependiente de la Secretaría General de Instituciones Penitenciarias.
La Subdirección General de Medio Abierto, dependiente de la Secretaría General de Instituciones Penitenciarias.
La Coordinación de Sanidad Penitenciaria, dependiente de la Secretaría General de Instituciones Penitenciarias.
De la Subsecretaría:
La Subdirección General de Personal, Costes y Planificación de Recursos Humanos e Inspección, dependiente de la Subsecretaría.
El Centro de Sistemas de Información, dependiente de la Subsecretaría.
La Subdirección General de Estudios y Relaciones Institucionales, dependiente de la Secretaría General Técnica.
La Subdirección General de Gestión del Tráfico y Movilidad, dependiente de la Dirección General de Tráfico.
La Subdirección General de Formación para la Seguridad Vial, dependiente de la Dirección General de Tráfico.
La Subdirección General de Ordenación Normativa, dependiente de la Dirección General de Tráfico.
La Gerencia de Informática, dependiente de la Dirección General de Tráfico.
El Observatorio Nacional de Seguridad Vial, dependiente de la Dirección General de Tráfico.
